Территория заказника является частью Клинско-Дмитровской гряды; ее рельеф сформировали ледниковые морены и речные потоки. В податливых породах река Сходня прорезала четко выраженные террасы и крутые холмы, поднятые над рекой на 30-60 м. Машкинский ручей имеет узкую каньонообразную долину глубиной до 20 м.    А в недрах существует свой перепад высот. За счет того, что кристаллический фундамент платформы здесь на целый километр выше, чем под юго-западом Москвы, глубоко под осадочным чехлом образуется «подземная гора», называемая Красногорским горстом.